Siempre utilicé una clase que hice hace algunos años para conectarme a mysql por medio del módulo mysql de PHP4. Hasta ahora que estoy usando en producción la extensión mysqli de PHP5 me doy cuenta de la diferencia en velocidad con la cual se manejan los datos.
En el artículo Researching your MySQL table sizes se explica como controlar el tamaño de nuestras tablas e indices utilizando consultas bastante interesantes para todo DBA en MySQL.